藏醫(yī)學(xué)有自己的疾病病因觀和分類方法，與其它醫(yī)學(xué)不盡相同。藏醫(yī)理論認(rèn)為一切疾病的發(fā)生原因有內(nèi)因和外因兩個(gè)方面。內(nèi)因即為發(fā)病的總因，認(rèn)為人由于產(chǎn)生貪欲、嗔恕、癡愚三毒，可導(dǎo)致體內(nèi)“隆、赤巴、培根”三者的平衡失調(diào)而導(dǎo)致疾病。關(guān)于三大因素病理方面的作用；內(nèi)因是三大因素的失調(diào)，平衡遭到破壞；外因是生活不當(dāng)，起居不適，邪魔作崇。內(nèi)因與外因有機(jī)地聯(lián)系著，互為因果關(guān)系。因此，三大因素在疾病的發(fā)生中占有主導(dǎo)作用，“隆、赤巴、培根”三者任何一種因素的功能失調(diào)，都可以使平衡失調(diào)而導(dǎo)致疾病的發(fā)生。如過(guò)度服用苦味藥或進(jìn)食苦味食物，饑餓時(shí)暴食，工作過(guò)度疲乏，房事過(guò)度，悲傷至極，流血過(guò)多等都可引起龍??；過(guò)食味辛，性熱、銳、膩之食物，在烈日下曝曬過(guò)久，過(guò)度勞累，奮力過(guò)猛，外力（被棍棒、石塊所擊或摔跌）損傷，飲酒過(guò)度等均可引起赤巴??；過(guò)服味甘，性涼之食物，飽食靜坐，在陰濕處睡覺(jué)、暴食高脂肪食物等均可導(dǎo)致培根病。從患病部位講：髖骼、腰骶、骨骼、關(guān)節(jié)、耳部是龍病易患之處；胃脘、肚臍、血液、汗腺眼部、皮膚等處是赤巴病易患之處；胸、喉、肺、鼻、胰贓、腎臟、膀胱、舌、脂肪、骨髓等處是培根病易患處。從時(shí)令季節(jié)看：隆病多發(fā)生在夏天；赤巴病發(fā)生在秋季；培根病多發(fā)生在春季。從氣候環(huán)境講：嚴(yán)寒酷冷易發(fā)生隆病；過(guò)于炎熱干燥易發(fā)生赤巴?。贿^(guò)于潮濕陰暗易發(fā)生培根病。從體型分：隆型人和老人易患龍病；赤巴型的人和青年易患赤巴病；培根型的人和小孩易患培根病。隆型人的特點(diǎn)是身體消瘦，面色灰黃，怕寒冷、脾氣暴躁、愛(ài)搏斗、喜射擊，常和人爭(zhēng)吵，喜食酸、苦、辛、之食物，赤巴型的人其特點(diǎn)是身體常有狐臭、多汗，易肌渴、面色發(fā)黃、個(gè)性倔犟、自負(fù)傲慢。培根型的人其特點(diǎn)是身體肥胖，臉色發(fā)白，怕冷，嗜睡，性情溫和。體型一方面表現(xiàn)生理特點(diǎn)，另一方面又與疾病發(fā)生有一定的關(guān)系。

外因包括一般病因和特殊病因。一般病因包括季節(jié)（天氣變化和環(huán)境）因素，飲食起居欠適，中毒（包括病毒感染等，而不僅僅是單純的中毒）以及前史罪孽等。特殊病因包括饑餓、失眠、空腹運(yùn)動(dòng)過(guò)度、長(zhǎng)期營(yíng)養(yǎng)不良、暴怒以及飲食因素等。