藏醫(yī)學(xué)對人體解剖和生理學(xué)研究極為深刻，而且歷史悠久，在世界各種傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)體系中，藏醫(yī)可以說是最系統(tǒng)、完整和先進的一種。早在公元8世紀初，吐蕃王朝侍醫(yī)比吉·贊巴希拉，編繪《尸體圖簽》二十六章、《尸體部分圖》、《活體及尸體測量》等。公元10世紀，宇妥薩瑪·云丹貢布在傳講《四部醫(yī)典》時，曾親自繪制人體骨骼結(jié)構(gòu)圖，并編纂了《人體臟腑解剖圖》等。公元14世紀藏醫(yī)北方學(xué)派的著名藏醫(yī)學(xué)家昌迪·班旦措杰，在人體解剖學(xué)和解剖圖的繪制方面造詣頗深，并在總結(jié)前人知識的基礎(chǔ)上編著了《解剖明燈》等解剖學(xué)專著。另外外著名藏醫(yī)解剖學(xué)家瑪吉了珍，通過對人體解剖學(xué)的深入研究，編著了《解剖論》一書，系統(tǒng)地介紹了人體的五臟六腑及人體的計量。尤其是人體皮層有7層的描述與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)只能用顯微鏡說明的結(jié)果完全一致。

藏醫(yī)人體解剖學(xué)大致有以下內(nèi)容：（1）七大物質(zhì)基礎(chǔ)；藏醫(yī)理論認為人體內(nèi)有“龍”、“赤巴”、“培根”三大因素和“飲食精微、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精液”七大物質(zhì)基礎(chǔ)，以及“糞便、尿、汗”三種排泄物。三大因素主宰并支配著七大物質(zhì)基礎(chǔ)和三種排泄物的運動變化。三大因素主宰并支配著七大物質(zhì)基礎(chǔ)和三種排泄物的運動變化。七大物質(zhì)在人體內(nèi)應(yīng)保持一定的量，并相互要協(xié)調(diào)和保持平衡，任何一種物質(zhì)的量失去平衡都將引起人體發(fā)生疾病。按《四部醫(yī)典》中的計量方法來計算，比如在正常情況下人的腦髓量為2棒（雙手合并作碗狀為棒），肌肉量男性約合500拳（握拳狀為一拳），女性多20拳，約合520拳，體內(nèi)的血液量不論男女，其量均為14棒，脂肪量為4棒等等。在七大物質(zhì)基礎(chǔ)中飲食精微最重要，其他六種物質(zhì)是依賴于它而生成，即食物進入胃口，通過主咀嚼的“培根娘吉”和主生化的“赤巴久吉”，主分“精”“濁”的龍米娘”三種主消化和吸收作用的消化機能，消化分解出食物的精微再有精微轉(zhuǎn)變成血，依次血轉(zhuǎn)化肉，肉轉(zhuǎn)化脂肪，脂肪轉(zhuǎn)化骨，骨轉(zhuǎn)化骨髓，骨髓轉(zhuǎn)化為精液。由于內(nèi)、外因素引起胃中三種主消化和吸收機能的失調(diào)或盛衰是導(dǎo)致胃病的主要因素，同時也直接關(guān)系到人體其他部位的盛衰，所以藏醫(yī)有“胃腑如田，時刻養(yǎng)胃。識此者為維護生命的良醫(yī)也”之說。血是維持生命的要素。肉是組成身軀、保護臟腑的圍墻，骨是身軀的支架，骨髓生精，精則能繁衍后代。三種排泄物是人體正常生理活動的新陳代謝的產(chǎn)物，七大物質(zhì)基礎(chǔ)，三種排泄物的變化活動，都受到三大因素的支配。

2、人體內(nèi)的器官，藏醫(yī)認為也有五臟六腑。 五臟指心臟、肝臟、脾臟、肺臟和腎臟，六腑指大腸、小腸、胃、膀胱、膽和三姆斯吾。對于各臟器的生理功能，古代藏醫(yī)用生活中的各種活動和所需的用品來作比喻。如：心臟---國王，端坐在寶座上，居人體胸腔的正中；肺臟---猶如大臣和太子，圍繞著君王；肝臟和脾臟---似君王的大、小后妃，遠處在君王下端，介關(guān)系又很密切；腎臟---像一座房屋的脊梁，沒有它身體就不能成一棟大廈，它又如一國中的外戚。三姆休---相當于中醫(yī)的三焦。但藏醫(yī)認為，它在男性指精囊，在女性指卵巢，猶如一國中的珍寶庫；胃---等于一個家庭中的炒鍋，是用來盛裝食物的，且負責把食物煮熟；小腸、大腸---在一個國家中，它的位置相當于王后的奴仆；膽---是一個風皮袋，內(nèi)可盛裝重要的東西；膀胱---在一個家庭中，好比一個儲水罐，用來盛裝水。

3、藏醫(yī)認為，人體上有360塊骨頭，這與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)骨頭有206塊的說法有所不同，其原因是統(tǒng)計方法上與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)不完全相同，其一藏醫(yī)把指甲、牙齒均列入其中，其二兒童的骨頭與成人的骨頭數(shù)量也不相同，兒童比大人多12塊，實際上應(yīng)是218塊，加上指甲、牙齒也就是360塊骨頭。

4、傳統(tǒng)藏醫(yī)還詳細敘述了人體內(nèi)的一些管線系統(tǒng)，即脈管，可分為黑白兩種脈。其中白脈十分重要，事實上相當于現(xiàn)代醫(yī)學(xué)所說的神經(jīng)。白脈起自腦部，《四部醫(yī)典》中這樣描述："從腦部脈的海洋里，像樹根一樣向下延伸，司管傳導(dǎo)的脈有19條。"如受傷或患病，則可引起肢體的運動失調(diào)。關(guān)于黑脈，則相當于血管，認為它象樹枝一樣，有的與臟腑相連，有的與皮膚肌肉相連，更有微細的脈道遍布于全身。作為一種傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)，藏醫(yī)在當時還缺乏精巧的儀器，難于有今天這樣精密而科學(xué)的認識，但從上面的敘述可以看出，古代藏醫(yī)已對人體比較精確的認識，也進一步說明了其理論的科學(xué)性。